系统方面，魅族MX6搭载的是基于Android6深度定制的Flyme5版本系统，该版本应用依然是扁平化的风格，图标以矩形或圆形为主，没有明显暗影，文件夹为半透明状，整体给人感觉很清爽。
Flyme5依然是扁平化的风格
从界面风格上，用户可以自行选择喜欢的设计，魅族MX6当中提供了“主题美化”应用，在其中可以定制各种不同风格的主题，除了壁纸等等元素之外，甚至可以个人自定义更换主题字体，所以即便两个人使用的都是魅族MX6，也可能会有非常明显的不同，毕竟每个人的喜好千差万别。
可以定制各种不同风格的主题
在设置-辅助功能-手势唤醒当中可以看到很多不同的模式，最为大家所熟悉的应该是双击点亮屏幕。结合双击熄屏，这样的操作感的确极其舒爽。而向上滑解锁、向下滑打开通知面板等更是能够大大提升用户操作魅族MX6时的使用效率。
此外其下面的更多自定义手势唤醒功能同样可以根据用户需求而定，比如你可以将画图形C设定为打开相机，那么在息屏状态下就可以直接通过在屏幕上滑出“C”状手势快速进入相机，有利于抓拍操作。
支持诸多自定义手势唤醒功能
魅族MX6当中有一套比较全面的内容服务提供给用户，包括新闻资讯、音视频娱乐、读书内容等等。新闻资讯方面，其“资讯”应用和第三方的《今日头条》同时为用户提供海量信息；音视频方面，其“音乐”、“视频”应用同时提供各种娱乐信息，其中分别具有各类在线信息源供用户随时获取，能够提供很大的便利。
用户可以根据个人需求定制查找各类信息
在系统层面，魅族MX6的优势是体现了极强的定制性，支持用户的特定需求设定，这是Android开源带来的优势。
苹果iOS系统目前已经发布了iOS10，不过仍然处于测试版，正式版本依然是iOS9。对于iOS来说，功能不是主要的，主要的生态的优势。
iOS9的多任务界面从之前横向平铺的卡片式变为了横向堆叠的卡片式，虽然乍一看你能够在一屏之内很快选择或者关掉多个APP，但是当你想要在堆叠的众多APP当中关掉特定一个、而它露出的面积却又飘忽不定时，对它上滑关闭就会变成一种毫无一致性可言的操作，特别是在iPhone5s或之前的小屏幕机型上面。
iOS9
横向堆叠的卡片式多任务后台
苹果自带的地图由于国内功能缺失不少，一直可用程度不高，不过iOS9相比之前的一个显著变化是增加了实用的“公交换乘”功能了，你也可以顺手搜索附近的吃喝玩乐信息。不过这方面，目前似乎其官方地图应用依然使用体验赶不上国内应用，比如百度地图、谷歌地图之类，这里苹果优秀的APPStore氛围倒是帮其一个大忙。
iOS9地图增加公交换乘不过依然是第三方地图应用体验更好
得益于更低功耗M9协处理器的采用，Siri可以在任何状态下倾听你的命令，这也就是新增的“嘿Siri”功能。它的启动也需要你对它多说几条命令来识别你的声音特征，设置过后就可以让它随时待命了。“嘿Siri”的识别能力还是非常不错的，基本都能够通过简单的一句命令从锁屏状态启动。不过目前语音助手的使用频率并不高，更多人还是愿意拿在手上操作。
“嘿Siri”功能可随时待命
