由于空间的限制，小机箱的散热性能会受到很大影响，另外，小机箱也不能像大尺寸机箱一样安装体积大的塔式散热器，多数还是只兼容下吹式散热器，也就使得整机的散热受到影响。
小机箱大多采用下吹式散热器
一般而言，小机箱内使用的处理器限制在i5及以下的水平，搭配多热管的下吹式散热器可以有较好的散热性能，预算充足的玩家可以安装水冷散热器提升散热效果，让整机可以搭载更高性能的处理器。
小机箱内增加风扇可以优化散热性能
对于小机箱来说，有必要增加风扇强化散热性能，即使安装了水冷散热器，硬盘内存及主板的发热量对于狭小的空间也是不容忽视的，热量的积累同样会严重影响整机的性能，所以增加额外的风扇还是很有必要的。
